Феодальные междоусобные войны X - XII вв., являвшиеся следствием политической раздробленности страны и возникшие в результате борьбы крупных даймё за власть и территориальное преобладание, а также из-за переделов земель, создали предпосылки для окончательного оформления самурайства как сословия, которое можно назвать сословием мелкопоместного служилого дворянства. Площадь государственной (императорской) земли сократилась в несколько раз, в то время как земли крупных князей постоянно увеличивались в размерах.

Своего апогея междоусобицы достигли в середине XII в., во время наиболее напряжённой войны между двумя самыми могущественными домами того времени - Тайра (Хэй) и Минамото (Гэн), получившей в японской истории название Гэмпэй. Минамото и его сторонники стремились к захвату богатых земель Тайра, узурпировавшего власть, отнятую у императора. Феодалы Минамото, властвовавшие в северо-восточных областях равнины Канто, располагали более дееспособной и многочисленной армией самураев, закалённой в непрерывных схватках с айнами. Кроме того, Минамото обладал несомненным преимуществом перед своим противником - он мог постоянно снабжать переходящих к нему дружинников мелкими земельными наделами, отвоёванными у аборигенов северо-востока, в то время как сторонники Тайра имели меньше таких возможностей. Всё это обусловило в итоге поражение Тайра в ряде сражений, самым значительным из которых была морская битва при Данноура (Симоносэки) в 1185 г., и переход господствующего положения в стране к Минамото.

Последующие семь лет приверженцы Минамото вели борьбу за окончательный захват власти против хэйанской (киотской) придворной аристократии; в результате император и его вельможи полностью потеряли политическую и экономическую силу. В 1192 г. Минамото Ёритомо (1192 -1199) принял титул сэйи тайсёгун, или просто сёгун, и перенёс свою столицу на восток Хонсю в г. Камакура, установив новую систему правления - сёгунат, режим военной диктатуры, характеризовавшийся безраздельным господством самурайства в социальной и политической областях.

Ёритомо, талантливый политик и блестящий полководец, отличавшийся незаурядной личной храбростью, впервые сумел объединить под своим знаменем разрозненные дружины самурайских кланов. Усмирив одних, подкупив других и снискав бескорыстную преданность третьих, он самовластно назначал и снимал государственных чиновников, раздавал личные владения, выплачивал содержание самураям (в коку - рисовых пайках) и даже контролировал заключение брачных союзов. От своих вассалов сёгун требовал прежде всего верности и соблюдения закона чести. Трусость и предательство, а также заносчивость карались смертью, стойкость в бою, усердие и скромность в личной жизни щедро вознаграждались. Так, жертвой своей гордыни пал Тайра Хироцунэ, один из самых могущественных ленников Еритомо. Как-то раз он отказался сойти с лошади в присутствии сёгуна, затем посмел противоречить властителю Камакуры - и поплатился головой. Железной рукой укрепляя своё правление, Ёритомо не пощадил даже сводного брата, Ёсицунэ, отважного полководца и первого рыцаря дома Минамото. Заподозренный в измене Ёсицунэ в сопровождении великана-слуги Бэнкэя вынужден был бежать от преследования и в конце концов погиб, оставив после себя героический эпос, многочисленные романтические легенды и предания.

Самураями с этого времени стало считаться всё военное дворянство Японии, включая и самого сёгуна. Особой категорией самураев, или верхушкой сословия (как бы сословием в сословии), были князья, владетели крупных земельных участков разной величины. Далее шли самураи среднего и низшего рангов, отличавшиеся друг от друга размерами своих богатств и доходов. Они являлись основной военной силой даймё. Вначале эти самураи были преимущественно жителями местностей, владетелями которых были даймё, отдававшими себя под покровительство последних и становившимися их вассалами (кэнин). Император при такой форме правления, оставаясь божественным потомком Аматэрасу, являлся лишь формальным правителем Японии. Он и его окружение в лице аристократии отрываются с этого времени от управления страной почти на семь веков. Однако по традиции император, в силу того что уже изначально он считался потомком богов, номинально всё же рассматривался как лицо, стоявшее во главе всего японского народа, а аристократия Киото соответственно занимала высшее положение (но только лишь по принципу аристократического престижа и "благородства") в иерархической системе японского общества. Главой же военного правительства (бакуфу) был сёгун, считавшийся наместником императора. В то же время, несмотря на сильную власть верховного правителя - сёгуна, каждый местный феодал стремился упрочить своё положение за счёт создания собственных дружин.

Военное сословие самураев, в соответствии с принятым в эпоху Камакура (1185 - 1333) сословным делением общества, официально стало наряду с придворной киотской аристократией (кугэ) привилегированным сословием господствующего класса Японии. Все самураи, или буси, первого сёгуната Минамото были разделены на две категории: гокэнин и хигокэнин. Первые стояли в центре сословия воинов, являясь стержневой социальной группой самурайства, и находились в непосредственном подчинении у сёгуна; вторые были слоем мелких феодалов (самураев-дружинников), не являвшихся непосредственными вассалами сёгуна, а прямо или косвенно подчинявшихся императорскому двору или храмам, имевшим известную степень автономии. Хигокэнин получали иногда от феодалов небольшие участки земли в качестве лёнов, которые нередко сами и обрабатывали. Сёгун ведал гокэнин непосредственно, защищал их интересы, раздавал должности и чины; гокэнин в свою очередь несли особую службу (гокэнин-эки), заключавшуюся в воинской повинности, уплате ежегодной дани и т.д., вступали во главе своих подчинённых в войско сёгуна, чем доказывали свою верность сюзерену.