Важнейшей областью деятельности реформаторов было создание центрального аппарата управления.

В 645 г были учреждены должности трех министров:
- левого (садайдзин),
- правого (удайдзин) и
- внутреннего — найдайдзин (должность главного министра дадзе дайдзин — была введена в 671 г.).

Однако сами министерства были созданы только в 649 г.

В окончательном виде новый правительственный аппарат состоял из 8 министерств:
- церемоний - сикибусе,
- по делам знати и государственного церемониала - дзибусе,
- народных дел - мимбусе,
- военных дел - хебусе,
- наказаний - гебусе,
- казны - бкурасе,
- центральных дел - накацукасасе,
- двора - кунайсе.

Кроме указанных выше учреждений, в «Нихон секи» упоминается совет по делам небесных и земных божеств (дзингикан), которому подчинялись все синтоистские храмы в провинциях.
В «Нихон секи» упоминаются также должности помощников министров (гёситайфу и нагон).
С 696 г эта должность стала называться дайнагон.

Эти помощники вместе с главным, левым и правым министрами образовывали большой государственный совет {дадзекан), который упоминается в «Нихон секи» с 686 г.

Так как осуществить реформы на местах можно было только через местную администрацию, то к ее созданию приступили немедленно. В 646 г в качестве столичных были выделены «внутренние провинции» (Кинай). В них были назначены управители уездов, устроены заставы, почтовые дворы, сторожевые пункты и т.д. Именно в провинциях Кинай реформы проводились наиболее последовательно.

Особое внимание реформаторы уделяли чиновничеству как сословию, ответственному за проведение государственной политики в центре и на местах. Однако в процессе реформ пришлось отойти от концепции чиновничества, свободного от кровнородственных связей и служащего исключительно государству (двору).
Хотя наследственную службу отменили еще в 646 г., а на местах вместо старых наследственных глав территорий предполагалось назначить новых управителей, подчинявшихся непосредственно центральной власти, сделать это оказалось не так-то легко.

Правительству приходилось пользоваться услугами старой знати, так как людей, обладавших навыками в управлении и сведущих в области китайской политической науки, едва хватало для заполнения основных постов в центральном аппарате. Местные органы управления (начиная с уезда и ниже) фактически находились в руках местной знати.

С похожими проблемами правительство столкнулось и при формировании сословия чиновников, для пополнения рядов которого в 670 г. была открыта столичная школа чиновников (в ней обучалось около 400 чел.), а в 701 г провинциальные школы.

В указах 673, 676, 682 и 690 гг. устанавливались критерии, в соответствии с которыми производилось назначение на должности.

В выработке таких критериев во второй половине VII в. явно прослеживаются два этапа:

- На первом (указы 673 и 676 гг.) при назначении на чиновничьи должности отдавалось предпочтение тем кандидатам, которые имели определенные способности к выполнению служебных обязанностей (например, для всех кандидатов был установлен своеобразный испытательный срок, в течение которого они выполняли различные мелкие служебные поручения).

- На втором этапе (указы 682 и 690 гг.) идея государственной службы, первоначально основанная на представлениях китайской политической науки, начала приобретать традиционные японские черты. Теперь назначение на должность того или иного лица в первую очередь зависело от заслуг рода, из которого он происходил.

И хотя одним из критериев продолжали оставаться личные качества кандидата, отмечалось, что даже если претендент на должность «деятелен и способен», но его происхождение не выяснено, то рекомендовать его кандидатуру не следует.

Таким образом, чужеродная для японцев идея приоритета способностей при назначении на посты все более уступала место собственно японским представлениям, вытекавшим из реалий родовых отношений.